Câu chuyện bắt đầu vào thời điểm năm 950 TCN ở Vương quốc Văn Lang. Hoàng tử Hùng Đan con của Vua Hùng Lăng là một học trò đặc biệt trong lớp học văn võ của thầy Trương Hiến. 

Câu chuyện bắt đầu khi Hoàng tử Hùng Đan mơ thấy mình lạc vào trong một khu rừng trên một hòn đảo ở giữa biển khơi muôn trùng. Điều kì lạ là sau khi tỉnh dậy, trên tay của Hoàng tử xuất hiện viên ngọc đúng như viên ngọc trong giấc mơ. 

Hoàng tử Hùng Đan đã kể lại giấc mơ kì lạ của mình cho vua cha và nói với cha rằng có mong muốn ra đi tìm đảo. Vua cha rất băn khoăn, trăn trở, lo lắng cho hoàng tử nhưng rồi cuối cùng cũng đồng ý với điều kiện là phải có người đi cùng Hoàng tử. 

Cuộc hành trình của Hoàng tử và người bạn đồng môn Đồng Vương theo tiếng gọi của giấc mơ khởi đầu thuận lợi nhưng sau đó gặp biến cố gian nguy giữa biển khơi bão táp. 

Gặp nạn giữa biển khơi mênh mông, tưởng chừng bỏ mạng nhưng như một phép màu Hoàng tử và Đồng Vương lại may mắn trôi dạt vào một hòn đảo và thoát chết lạ kì. 

Khi Hoàng tử tìm thấy giấc mơ của mình cũng là lúc đất nước gặp nguy biến khi giặc phương Bắc tràn xuống cướp nước. 

Hoàng tử và Đồng Vương trở về đất liền thì thấy cảnh nước mắt tang thương khi đất nước bị giặc giày xéo. Hoàng tử lòng đau như cắt muốn quét sạch lũ giặc phương Bắc. 

Với sự trợ giúp của Chim Thần, Hoàng tử đã đánh đuổi quân cướp nước. Vua Điêu Ma, Thống soái Thần Phong cuối cùng cũng phải trả giá cho hành động xâm lược của mình. 

Tổng tướng Tam Công muốn lên ngôi vua nên đã thực hiện mưu đồ áp sát Hoàng tử. 

Năm 2050, một nhóm các nhà khoa học Việt Mỹ đã cùng nhau thực hiện nghiên cứu tại Trường Sa và Hoàng Sa. Họ đã tìm thấy dấu tích của con người xuất hiện ở đây 3000 năm trước và khám phá ra nhiều điều thú vị. 

Một sự trùng hợp và khó tin nổi đó là một người trong nhóm nghiên cứu chính là hậu duệ thứ 100 của Vua Hùng Đan.